Kefirin içindeki bakterilerin oluşturduğu laktaz süt şekerini sindirir. Kefirin laktozu düşürme özelliği yoğurttan daha çoktur. Çünkü yoğurtta sadece iki probiyotik (L. bulgaricus ve S. thermophilus) varken kefirin içinde kırktan fazla probiyotik bulunur. Eğer kefir iki kez mayalanırsa mevcut olan laktoz düzeyi sıfıra yaklaşmaktadır.
Kefir aynı zamanda hafif bir sakinleştirici ve depresyon azaltıcıdır. Tatlı bir gevşeme ve uyku hali verir. Kefirin depresyon azaltan etkisi magnezyum, triptofan ve kalsiyum içeriğinin yüksek olmasına bağlanmaktadır. Buna benzer özellikler yoğurtta da bulunmaktadır.